BeFree : a text mining system for the extraction of biomedical information from literature

Abstract

Current biomedical research needs to leverage the large amount of information reported in scientific publications. Automated text processing, commonly known as text mining, has become an indispensable tool to identify, extract, organize and analyze the relevant biomedical information from the literature.

This thesis presents the BeFree system, a text mining tool for the extraction of biomedical information to support research in the genetic basis of disease and drug toxicity. BeFree can identify entities such as genes and diseases from a vast repository of biomedical text sources. Furthermore, by exploiting shallow and deep syntactic information of text, BeFree detects relationships between genes, diseases and drugs with a performance comparable to the state-of-the-art.

As a result, BeFree has been used in various applications in the biomedical field, with the aim to provide structured biomedical information for the development of knowledge and corpora resources. Furthermore, these resources are available to the scientific community for the development of novel text mining tools

Avui dia, la recerca biomèdica ha d'aprofitar i explotar la gran quantitat d'informació inclosa en publicacions científiques. El processament automàtic de text, habitualment conegut com mineria de text o text mining, és una eina essencial per tal d'identificar, extreure, organitzar i analitzar la informació biomèdica més rellevant de la literatura.

Aquesta tesi presenta el sistema BeFree, una eina de text mining per l’extracció d’informació biomèdica per donar suport a la recerca de les bases genètiques de les malalties i la toxicitat de fàrmacs. BeFree pot identificar gens i malalties des d’un gran repositori de text biomèdic. D’altra banda, mitjançant informació lingüística continguda al text, BeFree pot detectar relacions entre gens, malalties i fàrmacs amb uns resultats comparables a l’estat de l’art.

Com a resultat, BeFree ha sigut utilitzat en diverses aplicacions del camp biomèdic, amb l’objectiu d’oferir informació biomèdica estructurada pel desenvolupament de recursos com base de dades i corpora. A més, aquests recursos estan disponibles per la comunitat científica pel desenvolupament de noves eines de text mining.